Pyhäjärvi on Lounais-Suomen suurin järvi, jolla on alueen asukkaille, kunnille ja teollisuudelle suuri merkitys. Pyhäjärven suojelutoimien tarkoituksena on turvata Pyhäjärven hyvä vedenlaatu, joka mahdollistaa järven virkistys- ja raakavesikäytön myös tulevaisuudessa. Pyhäjärven vedenlaatu on 1980-luvulta saakka ollut uhattuna ulkoisen ravinnekuormituksen aiheuttaman rehevöitymisen vuoksi.

Jo 1970-luvulla perustettu Pyhäjärven suojeluyhdistys ry perustettiin suojelemaan Pyhäjärveä muun muassa Turun seudun veden­­hankinta­­­­­­­suunnitelman estämiseksi. Turun vesi- ja ympäristöpiiri (nyk. Lounais-Suomen ympäristökeskus) aloitti Pyhäjärven valuma-alueella Pyhäjoen ja Yläneenjoen suojeluprojektit vuonna 1991. Turvatakseen tarvittavat Pyhäjärven suojelutoimet ja niiden tarvitseman rahoituksen perustivat alueen toimijat vuonna 1995 Pyhäjärven suojelurahaston omaksi yksiköksi Pyhäjärvi-instituutin yhteyteen. Rahaston ensimmäinen toimikausi alkoi vuonna 1995 ja päättyi 1999. Ensimmäisen toimikauden loppuraportti valmistui maaliskuussa 2001.