Kolmannen toimikauden tavoitteena oli ylläpitää ja turvata Pyhäjärven hyvä tila vuosina 2007-2013. Vuonna 2013 ympäristöviranomaiset päivittivät ekologisen luokituksen ja Pyhäjärven tilaksi arvioitiin edelleen hyvä. Myös käyttäjien kokemukset järven tilasta ovat positiivisia ja paikallisten ihmisten arvio järven tilasta on hyvä. On kuitenkin huomattava, että hyvä tila on edelleen uhattuna ja sen ylläpito vaatii järven tehokkaita kunnostus- ja hoitotoimia.

Kolmannella toimikaudella toiminnassa keskityttiin sekä ulkoisen kuormituksen pienentämiseen että sisäisen kuomituksen hallintaan hoitokalastuksen avulla. Suojeluohjelman toimintaan ja tiedonhankintaan kytkeytyi useita ulkoisella rahoituksella toteutettuja tutkimus- ja kehittämishankkeita ja yhteistyökumppaneiden projekteja. Hoitokalastukseen saatiin suojeluohjelman panoksen lisäksi varoja valtion budjetista ja Pyhäjärven kalastusalueelta.

Kolmannella ja aikaisemilla toimikausilla Pyhäjärven suojelurahastossa ylimpänä päättävänä elimenä toimi valtuuskunta. Rahaston perustajista Euran ja Säkylän kunnat nimesivät valtuuskuntaan kaksi jäsentä ja muut kukin yhden. Valtuuskunta kokoontui kertaa vuodessa. Suojelurahaston toimintaa, hallintoa ja taloutta johti seitsenjäseninen Pyhäjärven suojelurahaston valtuuskunnan nimeämä johtoryhmä, joka kokoontui noin viisi kertaa vuodessa. Suojeluohjelman hallintoa uudistettiin neljänteen toimikauteen siirryttäessä.